黒魔術教団のグレイ…その姿は偽りだった!!　ナツ、ハッピー、ルーシィは、教団に潜入していたグレイ、指揮を執っていたエルザと合流。一つの街の殲滅を謀る“浄化作戦”を阻止すべく、大軍勢の敵陣に斬り込んでいく!!　一年ぶりに精鋭が集結した妖精の尻尾の復活なるか!?　一方、黒魔術教団が崇めるゼレフは、厄災の“男”と遭遇し……。いま、最凶の黒魔導士の驚くべき過去が明らかに!!

復活に湧くFTのメンバーたち！　そして、ナツたちは「一年前のギルド解散の真実」と「マカロフ不在の理由」を知る。なんと、そこにはFTの最高機密、そして超軍事魔法帝国・アルバレスの存在が！　ギルドを守る為、単身、アルバレスに赴いたマカロフが消息不明だと知ったエルザは、マカロフ救出を決断する。しかし、アルバレス潜入作戦の道中、FTの前に立ちはだかったのは、皇帝スプリガンを守る“12の盾”の脅威だった!!

ギルドの大黒柱・マカロフの救出に成功したナツ達。ラクサスと雷神衆も帰還しFTは完全復活を遂げる！　そしてゼレフ率いるアルバレス帝国との戦いを前に心をひとつにするメンバー達…するとそこへ初代マスター・メイビスが姿を現し、自身の体が埋め込まれた魔水晶であり、ギルドの最高機密でもある「妖精の心臓」について語り出す。それは百年以上も昔の…“呪われた少年と少女”の絶望に逆巻く未来と、犯した罪の物語だった…。

ゼレフが認めし12人の精鋭・スプリガン12が大軍を率いて四方からマグノリアに侵攻！　第一陣…上空から大艦隊と共に攻め込んできたのはアジィール。エルザが迎え撃つが、「砂漠王」の異名をとるその絶大な魔力に、光なき絶望へと追い込まれてしまう!?　一方、地上ではブランディッシュが単独、ルーシィの家に出現…その先には信じられない因縁が!?　そして、この未曾有の危機に、フィオーレ中の魔導士ギルドが決起する！

運命に導かれたナツとゼレフの直接対決！　ナツの素性、そして壮大な「ある計画」…ゼレフから衝撃の事実を聞かされたナツは、その理性さえも失って…!?　一方、戦局は動きを見せていた。南部では蛇姫の鱗と人魚の踵連合軍が苦戦…戦線を後退させられ、北部の剣咬の虎と青い天馬連合軍も一時撤退、そして聖十大魔道たちが集う東部では「終末の使者」が、なんと悪魔と妖精の戦争に乱入！　最終決戦は三つ巴の様相を呈して…!?

刻一刻と戦況を変えるマグノリア防衛戦。スプリガン12は残り8人となるも、戦況は予断を許さない。南方のハルジオンでは、戦乙女・ディマリアに「天空シスターズ」が窮地に追い込まれ、病床のナツが眠るFTギルドにおいても、暗殺者の異名をとるジェイコブによって、メンバーが“消される”という緊急事態に！　空前絶後のこのピンチ…次々と襲いくる強敵を前に、フィオーレの魔導士たちが、不屈の魂で立ち向かう!!

一進一退を繰り返す戦況で、無数のアルバレス軍に対し、決死の覚悟で挑むFTたち。そんな折、FTに捕らわれの身のブランディッシュから意外な申し出が…。劣勢が否めないFTは「それ」に一縷の望みをかけるが…!?　一方、北方ではガジルたちが大健闘し、戦線を押し戻していた。しかし、そこには魔導王・オーガストと並び称される実力者・アイリーンをはじめ、さらなる絶望が襲いかかろうとしていた!!

ゼレフと百万の軍勢に占拠されたFTギルド！　奪われた我が家を取り戻す為、ナツたちはついに一丸となって戦いを挑むが…!?

混迷を極める戦局に新たな展開が!!　ゼレフに捕らわれていたメイビスが“脱出”に成功…仲間と共に“自分たちのギルド”に帰る為、覚悟を新たにする!!　一方、ナツに異変が…体内に潜んでいた“悪魔的な力”が覚醒し、その意識も風貌も一変してしまい!?　そしてゼレフを求めて彷徨うナツの前に立ち塞がったのは仲間であるグレイ!!　ゼレフに運命を翻弄された二人が今、互いの“存在”と“命”をかけて激突する!!

血で血を洗う最終決戦の最中、ナツの容態が急変！　そしてナツは自らの心の深層で「失われた記憶」の中を彷徨う事に…。一方、人間の「欲」を“白き魔法”で操るラーケイドの参戦により、FT側の魔導士の大半が戦闘不能に！　そのラーケイドに待ったをかけるのはスティング…“白竜”の真価が問われる戦いの行方は!?　また、アイリーンと戦うエルザは、彼女の告白に言葉を失う。アイリーンの素性、そして壮絶な過去とは!?