ナツ＆ハッピーとウェンディ＆シャルルを残して、FT（フェアリーテイル）がギルドごと、異世界・エドラスに吸収されてしまった!!　魔力が枯渇してきたエドラスの人々が、この世界（アースランド）から魔力を吸い取ろうとしていたのだ。仲間を救う為、エドラスに乗り込んだナツたちだが、そこは何もかもが別世界!!　FTが存在したものの、仲間たちの様子も、まるで別人!!　この先に待ち受けるのは、さらなる異常事態!?

永遠の魔力を欲するエドラス王の標的は、ナツたち滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）だった!!　その魔力を手に入れ、「コードETD（天使全滅作戦）」を発動し、今まで服従してきたエクシードに対し反乱を起こそうというのだ!!　しかしその真の目的は、皆の想像を絶する非道なるものだった!?　そして、この混乱に乗じてFT（フェアリーテイル）の皆を救い出したいナツたちだが、立ちはだかるエドラスの魔導士もかなり手強くて……エドラス王都総力戦、FTの存亡を賭けた決戦の行方は!?

エドラス王の容赦なき“殲滅（せんめつ）”が始まった!!　なんと自ら、ドロマ・アニム（ドラゴンの強化装甲）を操り、襲いかかってきたのだ!!　この究極の魔導兵器に、ナツ＆ガジル＆ウェンディ……3人の滅竜魔導士が挑む!!　一方、ルーシィたちはエドラスのFTの皆と力を合わせ、王国軍に立ち向かう!!　熾烈を極めるエドラス王都最終決戦、その先には衝撃の結末が待っていた!?

“優しい奇跡”を携え、エドラスから無事、アースランドに帰還したナツたち!!　そんな彼らを待っていたのは、年に一度のビッグイベント・『S級魔導士昇格試験』!!　ナツを始めとする8名の参加者は各々のパートナーを選び、いざフェアリーテイルの聖地・天狼島（てんろうじま）へ!!　合格者はただ1人!!　S級の扉を開くのは誰だ!?

『S級魔導士昇格試験』の最中に、次々と緊急事態が発生!!　ウェンディをパートナーに選んでいたメストは何やら怪しい行動をとり、一方、ナツの前には“近づくものの生命を消してしまう”謎の少年が現れる!!　さらに、皆の知らぬところで闇ギルド最強の“悪魔の心臓（グリモアハート）”が妖精の尻尾（フェアリーテイル）の聖地・天狼島（てんろうじま）へと歩を進めていた!!　今、妖精の尻尾に未曾有の危機が迫っている!!

妖精の尻尾（フェアリーテイル）の聖地・天狼島（てんろうじま）に進軍してきた、闇ギルド最強を誇る悪魔の心臓（グリモアハート）!!　その目的は、妖精の尻尾の殲滅と伝説の黒魔導士ゼレフの捕縛だった!!　しかもマスターハデスの正体は、妖精の尻尾にとってあまりにも意外な人物で……!?　ハデスの前にマスターマカロフが屈し、“失われた魔法（ロスト・マジック）”を駆使する煉獄の七眷属（ななけんぞく）の前にナツたちも大苦戦!!　妖精の尻尾の存亡をかけた戦いは、さらなる混沌の渦へ!!

ついにウルティアが黒魔導士ゼレフを捕縛!!　加速する「悪魔の心臓（グリモアハート）」の野望……彼らが「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」殲滅の先に見据えるのは、混沌と闇が支配する“大魔法世界”の構築!!　なんとそれは、ゼレフを王とし、魔導士のみが存在する世界だった!!　これを阻止すべく戦うナツたちだが、様々な因縁が絡み合い、事態はさらに混迷を増していき……!?　妖精の尻尾の聖地で今、世界をかけた戦いが熾烈を極める!!

一進一退の攻防が続く天狼島（てんろうじま）決戦!!　ナツたちの前には、「悪魔の心臓（グリモアハート）」屈指の七眷属（ななけんぞく）の他に、副司令・ブルーノートまでが立ちはだかり、戦況はフェアリーテイルにとってますます不利に!!　しかし、そこへフリード＆ビックスロー、そしてギルダーツが駆けつけた!!　……しかしその時、天狼島に想像を絶する事態が発生!?　フェアリーテイル初代マスターの眠るこの地……メイビスの意志が照らす未来とは一体!?

天狼島（てんろうじま）の戦いは、様々な因縁、そしてゼレフまでをも巻き込み、予断を許さぬ事態に!!　そして遂に、マカロフの魂を受け継ぐ者たち……次世代の妖精の尻尾（フェアリーテイル）を担うナツたちが、ハデスの下にたどり着き、妖精の尻尾の運命をかけた最終決戦が始まろうとしていた!!　仲間との絆、そしてギルドへの誇りを心に宿し、妖精の尻尾の魂がハデスに巣食う“悪魔”に挑む!!

天狼島（てんろうじま）の死闘も、ついに決着!!　仲間との絆を信じ続けたナツたちが、奇跡とも言える力を発揮し、見事、ハデスの野望を打ち砕いた!!　笑顔の戻った妖精の尻尾（フェアリーテイル）……しかし、天狼島の戦いは、まだ終わっていなかった!!　ゼレフが宣告する「世界の終わり」、そして「アクノロギア」の到来……その真意とは!?　今、逆巻く未来が妖精の尻尾を飲み込もうとしていた!!