わかめ高校２年生の花中島マサル。彼が部長を務める謎の格闘技部「セクシーコマンドー」部の部員はフーミン・真茶彦・キャシャリン・スーザンの４名。ちょっとおかしな部活が、今日も展開され!?

ヒゲマニアのモエモエをマネージャーに、熱血教師トレパンを顧問に迎え、やっと部活らしくなったセクシーコマンドー部。しかし季節は卒業シーズン。３年生の真茶彦の卒業が近づき部崩壊の危機が!?

各部の部費を決める顧問会議。セクシーコマンドー部顧問のトレパンが出席すると、なんと50万円という大金が当てられていた。しかしそれを不服に思う野球部に因縁を付けられ部費をめぐる勝負が!?

セクシーコマンドー部が全日本セクシーコマンドーフェスティバル'96（全国大会）に出場。部長のマサルが優勝を狙う一方、他の部員たちは棄権を提案。そんな中、サンバ高校との一回戦が始まり……!?

マサルが試験前に時々とるという「ニセ休み」。その休み後の試験では、なんと学年トップを獲ったこともあるという。その秘密を探そうとフーミン、真茶彦、キャシャリンがマサル宅に向かうが…!?

マサルの提案で出かけた伊豆の“気絶温泉男宿”。門番である謎の中国人からいきなり苛酷な試練を与えられるヒゲ部一行だが、中では宿長自らが相手をする恐怖の男宿名物「電車卓球地獄変」が…!?

わかめ高校に新しい教師がやってきた。新任早々、この教師がセクシーコマンドー部の顧問となり、トレパンはクビ。しかし納得のいかないトレパンと新任教師が、顧問の座をかけバクチ勝負をして!?