甲子園の２回戦、細腰（ほそごし）を擁する松江緑風と対戦する鷲ノ森高校野球部だったが、クロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）がやらせた一球勝負に反発した駒入（こまいり）たちは、自分たちだけでゲームを進めると宣言。一方、坂本（さかもと）との対決にこだわる細腰も、チームから孤立していた。分裂していた両チーム、雨の中での死闘、勝利はどちらに……!?　「すべてが見える！　そうか！　これが…“集中”なんだ！」――。

準々決勝へと進んだ鷲ノ森高校野球部だったが、対戦相手の豊将学園からいきなり長打を打たれ、先制点を奪われてしまう。エース投手・坂本（さかもと）は連続で長打を打たれたことに自信を喪失して、それに動揺したナインも自分を見失っていた…。初回で４点差をつけられ、窮地に陥った鷲ノ森高校に、クロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）は勝機を見出すことができるのか……!?　「勝利を呼ぶ希望の風が…!　遂に来たっ！」――。

いよいよ佳境を迎えた、鷲ノ森高校対豊将学園。序盤に６点差をつけられた鷲ノ森高校だったが、坂本（さかもと）との対決で冷静さを欠いた豊将学園の投手・与儀（よぎ）から４点を取り返す。しかし２点差となった豊将学園は王者の気迫を出してきて、それを感じ取ったクロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）は……!?　鷲ノ森VS豊将、ついに完全決着!!　「風を起こすんだ！　もう一度、この甲子園に吹き荒れる奇跡の風を！」――。

勝ち進んだ準決勝、鷲ノ森高校対京陽高校。細腰（ほそごし）を上回る実力を持つといわれる京陽の投手・池末（いけすえ）の投球に、疑問を持つクロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）。しかしそれは絶好の場面で坂本（さかもと）と対決するためだと知って、その実力を認める。そしてゲームの流れが予測できない中、クロカンは京陽の監督・岡添（おかぞえ）が言っていた、本当の敵は京陽じゃないという言葉を思い出し……!?　「甲子園が生きている！」――。

準決勝７回表、坂本（さかもと）のホームランによって京陽高校から１点リードした鷲ノ森高校。そのまま９回裏、最後の守備をする鷲ノ森ナインだったが、京陽の４番打者・熊井（くまい）の打球がセカンド・小笠原（おがさわら）の顔に当たってしまう。クロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）は、負傷した小笠原に代わって、１年生の備前（びぜん）を出すのだが……!?　そこには驚愕の結末が待ち受けていた。「征服しろ！　甲子園を！」――。

甲子園を準決勝敗退した鷲ノ森高校野球部。坂本（さかもと）たち３年生が抜けた後のチーム作りを考えていたクロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）だったが、鷲ノ森高校が廃校になることを知らされる。一方、相撲道場で雨宿りしていた大竹（おおたけ）は、相撲部員・田代（たしろ）と対決することに。そこで立ち会ったクロカンと坂本（さかもと）の気迫に、田代は……!?　そして鷲ノ森高校に大事件が!!　「逆境に強い！　これが鷲ノ森だっ！」――。

鷲ノ森高校が廃校になり、クロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）の元には全国の強豪校から監督勧誘があり、岡添（おかぞえ）からも京陽高校の監督にならないかと誘われていた。そしてクロカンは野球部員の前で京陽に行くと宣言して、野球部は解散することになる。その後クロカンは最後の紅白戦を提案して、田代（たしろ）の特訓をするのだが……!?　「ただ…、目の前のでっかい山を、素手と裸足で登りたくなったんです」――。

鷲ノ森高校廃校まであと２年、クロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）は総勢16人の野球部を、全員攻撃、全員守備、全員で点を取る全員野球をする新生チームに作り上げていた。そして夏の大会へと臨み、ベスト８まで進出するのだが戦力不足により敗退してしまう。その後、３年生の山内（やまうち）たちが引退し、クロカンは備前（びぜん）をキャプテンにする。一方、桐野高校は新監督に高塚（たかつか）が就任して……!?　「苦しい時は、バカになれっ！」――。

13人だけになった鷲ノ森高校野球部は、秋の県大会で新監督・高塚（たかつか）が率いる桐野高校と対決する。鷲ノ森最後のチームとして注目され、プレッシャーがかかり本来の実力が出せない鷲ノ森ナインはコールド負け寸前に。クロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）は、備前（びぜん）と田代（たしろ）を追い詰めることで、チームの勢いを取り戻す。今、鷲ノ森の逆襲が始まった！　クロカンVS高塚、勝つのはどちらだ!?　「これが…、新生鷲ノ森の戦い方！」――。

関東大会でベスト４に進出し、春のセンバツ出場を決めた鷲ノ森高校野球部。鷲ノ森最後のチームとして、マスコミの取材が殺到して困惑する野球部部長・平泉（ひらいずみ）。その頃、クロカンこと黒木竜次（くろき・りゅうじ）は、鷲ノ森村長から消滅する鷲ノ森村の名を歴史に刻むために、甲子園での優勝を懇願されていた。その願いを叶えるかわりに、150キロの速球を出す打撃マシン５台を要求するクロカンの思惑とは……!?　「きやがったな…。最も厄介で手強い敵がっ！」――。